La Universidad Nacional Intercultural “Fabiola Salazar Leguía” de Bagua, fue creada mediante Ley N° 29614 del 18 de noviembre del año 2010, como una respuesta a la necesidad y al reclamo del pueblo de Bagua y las etnias Awajún y Wampis, que desde hace mucho tiempo expresaban la necesidad de tener una casa superior de estudios con esencia intercultural, y fue creada con cinco carreras profesionales: Ingeniería Agrícola, Ingeniería Civil, Zootecnia, Biotecnología y Negocios Globales. El 10 de abril del 2013, el extinto CONAFU (Consejo Nacional para la Autorización y Funcionamiento de Universidades) aprobó el Proyecto de Desarrollo Institucional (PDI), mediante Resolución N° 251- 2013-CONAFU, documento que constituyó instrumento fundamental de gestión para la organización de las actividades académicas, de investigación y administrativas de la Universidad Nacional Intercultural “Fabiola Salazar Leguía” de Bagua, en la Región Amazonas. Fue con la Resolución N° 535-2013-CONAFU, del 26 de junio del 2013 con la que se designó a la primera Comisión Organizadora de la UNIFSLB.
El 13 de agosto del 2018, la SUNEDU con Resolución de Consejo Directivo N° 095-2018-SUNEDU/CD, otorgó la Licencia Institucional a la Universidad Nacional Intercultural “Fabiola Salazar Leguía” de Bagua, con las carreras profesionales de: Ingeniería Civil, Biotecnología y Negocios Globales. Así mismo, la Universidad asume las exigencias de la Ley de Educación Bilingüe Intercultural N° 27818, que en su Art. 1° “Reconoce la diversidad cultural peruana como un valor y fomenta la educación bilingüe intercultural en las regiones donde habitan los pueblos indígenas” y el Art. 2° “Sostiene que el Plan Nacional de Educación Bilingüe Intercultural debe incorporar, la visión y el conocimiento indígena y que la educación para los pueblos indígenas debe ser igual en calidad, eficiencia, accesibilidad y en todos los demás aspectos previstos para la población en general”.
